牙缝有疙瘩的常见原因是牙龈炎症导致的牙龈乳头肿胀和慢性牙根尖周炎导致的瘘管。另外，牙龈瘤、血管瘤、牙龈癌、血液系统恶性肿瘤或身体其他位置恶性肿瘤转移到牙龈等也会导致牙缝有疙瘩。建议到正规医院的口腔科进行检查。
1.牙龈乳头炎症：这是牙缝有疙瘩常见原因之一。牙结石和牙菌斑刺激牙龈慢性炎症导致牙龈乳头炎症性肿胀和增生，导致感觉牙缝有疙瘩；较硬食物刺伤或者食物嵌塞导致急性龈乳头炎，引起牙龈乳头肿胀体积变大会感觉牙缝有疙瘩。
2.慢性牙根尖周炎导致的牙龈瘘管：俗称的“牙缝疙瘩”一般是指这种情况。牙根尖组织感染后，炎症从牙龈引流，穿破黏膜形成牙龈瘘管。瘘管多表现为一个小的疙瘩样凸起。
3.牙龈瘤：是指发生在牙龈乳头部位的炎症反应性瘤样增生物。多跟局部菌斑牙石刺激、内分泌改变（女性妊娠期）有关。
4.血管瘤、牙龈癌、血液系统恶性肿瘤、其他位置恶性肿瘤转移：血管瘤也可发生在牙缝处的牙龈上，表现为疙瘩样凸起。发生在牙龈上的恶性肿瘤（牙龈癌或转移癌）以及血液系统恶性肿瘤也可在牙龈上表现为牙龈疙瘩。